Les news de phylogene

As kinetics and level of expression of omics are different, the multi-omics tendancy is to couple different omics in order to paint a much more comprehensive and detailed picture of what is occurring between the host and microbes in healthy and diseased states(1).

Recently, new studies on skin used metagenomics coupled to metabolomics (2) (4). Of course metabolomics is attractive as being the final stage of the metabolization of substrates and reaching the molecular forms of exchanges within the microbiota and with the host. Even if limitations like only 10% of microbial and human metabolites being identified in the databases (5), it remains interesting to know more about for example fatty acids which are the most important components in maintaining the skin barrier function or lactic acid which is a key component of the skin’s natural moisturizing factor and keeps skin hydrated (4), or lipids as key components of the skin (3).

Then, it is logical to couple the omics which are in charge of the functions and which detect the production of the functions, namely metaproteomics and metabolomics(6), which will better track the host-microbes interactions (2), as metaproteomics reaches simultaneously the proteins of the skin and its microbiota which produce the metabolites to be detected. It is particularly efficient as it is often seen that there is no change at skin microbial abundance, taxonomic or functional metagenomics level but shifts appear at the real functional and metabolic levels , as discussed by these authors.(4)

PHYLOGENE is familiar in using the complementarity between metagenomics and metaproteomics to obtain more focused claims .

Now based on its expertise in metaproteomics, PHYLOGENE is completing its proposed services as close as possible to real functionality with metabolomics dedicated to skin metabolism . This metaproteomics and metabolomics toolset makes it possible to generate knowledge of the effects of skin diseases or the mechanisms of action of cosmetics, prebiotics, probiotics or drugs targeting the skin microbiome.

Metaproteomics:

Proteins are in charge of cellular structures and functions of life activities. Proteomics provides insights into the composition and activity patterns of intracellular proteins and protein-protein interactions.

Metaproteomics makes it possible to achieve simultaneously the identification of the microbiome members, and a snapshot of the functions of the host and its microbiomes. The non-targeted approach gives the identification and relative quantification of the host and its microbiome proteins impacted by the studied phenomenon and produces a set of data reflecting the studied effect.

Metabolomics :

Metabolites are the molecules produced by the functional proteome in response to environmental stimuli. Metabolomics is the final stage of the metabolization of substrates and identifies the molecular forms of exchanges within the microbiota and with the host. The proposed approach is a targeted approach of relative quantification metabolites known for their role in the skin metabolism.

Multiomics :

With coupled metaproteomics and metabolomics, we use the potential of the two omics closest to the phenotype.

Our bioinformatics tools enable integrated and standardized proteomic and metabolomic analysis of global proteome and metabolome data. Enrichment of metabolic pathways and correlation analysis of regulatory mechanisms of upstream protein actors of metabolism and downstream metabolite changes provide a comprehensive view of the effects generated at the gut level.

 (1) Simran S Sandhu, Aunna Pourang, Raja K Sivamani. A review of next generation sequencing technologies used in the evaluation of the skin microbiome: what a time to be alive. 2019 Dermatology on line journal  Volume 25 Number 7| July 2019| 25(7):1  

(2) Jacques C and all. Multi-omics approach to understand the impact of sun exposure on an in vitro skin ecosystem and evaluate a new broad-spectrum sunscreen.

Photochem Photobiol. 2023 Jul 24. ;00 :1-14

(3) Patra V and all. Ultraviolet exposure regulates skin metabolome based on the microbiome. Sci Rep. 2023; 13: 7207.

(4) Li M and all. Multi-omic approach to decipher the impact of skincare products with pre/postbiotics on skin microbiome and metabolome. Front Med (Lausanne). 2023; 10: 1165980.

(5) Peisl BYL and all. Dark matter in host-microbiome metabolomics: Tackling the unknowns–A review. Analytica Chimica Acta Volume 1037, 11 December 2018, Pages 13-27

(6) Oleg Karaduta, Zeljko Dvanajscak,and Boris Zybailov. Metaproteomics—An Advantageous Option in Studies of Host-Microbiota Interaction. Microorganisms. 2021 May; 9(5): 980.

Nous avons plusieurs projets qui arrivent en parallèle, nous renforçons notre équipe et recherchons un chef de projet. Venez nous rencontrer, nous ferons du chemin ensemble.

  PHYLOGENE to talk about omics technos for microbiome products effects substantiation

PHYLOGENE a été désigné meilleur poster à Targeting Microbiota 2022. Bravo à toute l'équipe

Recevez au laboratoire un kit de biopsies de peau de CTIBiotech, appliquez votre produit, envoyez les biopsies chez Phylogene pour l'étude de protéomique, recevez vos résultats.

Responsable spectrométrie de masse

Notre poster à SID 2022 avec des partenaires pour l'évaluation des effets d'un ingrédient sur la peau et son microbiote

DeepMicro: PHYLOGENE et le CEA s'associent dans un projet pour développer la métaprotéomique des microbiomes

      Bioinformaticien biologiste

PHYLOGENE sera à IN-COSMETICS GLOBAL début Avril. Passez sur notre stand P84 pour voir nos nouveautés ou n’hésitez pas à prendre rendez-vous, nous serons encore plus disponibles pour échanger sur vos projets passés et futurs et savoir si nous pouvons vous aider.

Une nouvelle publication sur le métabolisme des lipides dans le stratum corneum de différents types de peau exposées au soleil, évalué par protéomique et lipidomique en LC-MS/MS.

Nous avons perfectionné l'analyse protéomique à partir de prélèvements cutanés par strips. Un seul D Squame est maintenant nécessaire au lieu d'une demi douzaine pour obtenir encore plus de protéines qu'auparavant.

Chef de projet en CDD 12 mois                  Fev 2022

La spectrométrie de masse permet de quantifier les HCPs de manière non ciblée, et ne se limite donc pas à quelques protéines phares du système cellulaire hôte.

Le rôle émergent du microbiome en immunothérapie des cancers

Une nouvelle publication qui montre comment la protéomique LC-MS/MS peut révéler en non-ciblé les modifications du protéome du collagène intracellulaire des fibroblastes induites par différents traitements

Technicien supérieur biologie   08/21

CDD 10 mois

Découvrez les dernières évolutions pour la préparation des échantillons protéiques en dermo-cosmétique chez Phylogene. Jean-Marc Monneuse, notre spécialiste en LC-MS/MS nous présentera les dernières évolutions en protéomique haute résolution pour l'extraction des strips.

Notre article sur la caractérisation du métabolisme du microbiote sur le scalp

Notre article dans Cosmeticobs sur les modes d'action sur la peau et son microbiote par les techniques omiques

PHYLOGENE participe à BIO Digital les 10-11 & 14-18 Juin, 2021 et au One-on-One Partnering.
Nous serions ravis de parler de vos projets et de ce que nous pourrions faire pour vous.

PHYLOGENE rejoint l'Alliance pour la Promotion du Microbiote

Cette initiative rassemble les principaux acteurs de l'industrie du microbiome dans des efforts pour placer le microbiome au cœur des stratégies diagnostiques et thérapeutiques pour une meilleures santé.

Merci pour le temps passé avec nous à BIOFIT 2020,Oncology virtual partnering meeting 2021, NUTREVENT 2021 rendez-vous à la prochaine édition.

Une publication en hématologie basée sur échantillons de plasma analysés en protéomique haute résolution, nanoLC-MS/MS, méthode de choix pour générer des biomarqueurs

Notre étude de protéomique et de bioinformatique avec nos partenaires a contribué à comprendre la structure nerveuse et le fonctionnement du nouveau modèle d'épiderme reconstruit et innervé et de tester les effets d'un ingrédient

Nous serons ravis d'échanger avec vous à propos d'omique et de bioinformatique pour le fonctionnel et les mécanismes d'action des molécules actives, pharmabiotiques, régimes ou ingrédients nutritionnels sur les microbiotes. Un exemple dans le poster.

http://www.global-engage.com/event/microbiota/#agenda

Notre publication en métagénomique sur les phylotypes de C. acnes

La métaprotéomique permet de révéler les fonctions effectivement présentes, humaines, bactériennes et fongiques. La métagénomique ne le permet pas. Pour avoir une idée, suivez le lien

Comment avoir une large vue sur les effets d'un régime sur le microbiote au niveau fonctionnel et mode d'action

Les possibilités de la génomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique pour l'objectivation en cosmétique

Notre publication sur peau et vieillissement avec nos partenaires.

L'approche non ciblée en métaprotéomique est la plus rationnelle pour les modes d'action

La phosphorylation des protéines est un mécanisme crucial dans de nombreuses régulations cellulaires et fortement impliqué dans pratiquement tous les processus physiologiques et pathologiques tels que la transduction du signal, la prolifération cellulaire, la différentiation, l’apoptose ou encore le métabolisme. Les processus de signalisation impliquant la phosphorylation sont souvent dérégulés lors de pathologie ou de stress.

Approches « omiques » en cosmétique par Gilbert Skorski – PHYLOGENE aux JED

Les évolutions de la LC-MS/MS en label-free permettent l'investigation des protéines du microbiome et l'impact sur la peau ou l'intestin.

Etudier les effets d'un ingredient sur le muscle

Prédiction des effets d'un ingrédient par évaluation sur explants de peau en utilisant notre approche protéomique LC-MS/MS et sa bioinformatique.

La métaprotéomique est l'outil privilégié

Suivi du stress abiotique de la peau et de la profondeur de l'oxydation.

Nouveau module intégré pour l'analyse hôte et microbiote des données omiques de comparaison de conditions.

Métabolisme fonctionnel des microbiotes révélé par métaprotéomique

Après l'utilisation des larmes pour identifier des biomarqueurs des maladies de l'oeil, une étude récente a permis d'identifier par LC-MS/MS des biomarqueurs dans le sérum

Une revue sur les avancées en protéomique des plantes par  LC-MS/MS. De nombreux outils sont maintenant efficaces, aussi disponibles chez MS-PHYLOGENE.

FFPE et CANCEROLOGIE: La protéomique à partir de coupes disponibles utilise très peu de matériel pour sortir des biomarqueurs ou comprendre les mécanismes.

La multi-omique pour connaître le mode d'action des probiotiques.

BIOINFORMATIQUE ET BIOSTATISTIQUE: CORAVALID

Les données de sortie de LC-MS/MS sont denses et complexes à analyser et prennent de ce fait beaucoup de temps à nos clients.

CORAVALID effectue une analyse complémentaire des données d’identification et de quantification relative avec une succession de tests statistiques, qui permet d’exploiter toute la richesse de vos données de protéomique LC-MS/MS.

Savez-vous qu'une méthode LC-MS/MS MRM multiplex peut avantageusement remplacer 20 méthodes ELISA au coût de développemenr d'une méthode ELISA?

AMELIORATION DES PLANTES: La protéomique et la métabolomique sont matures

Une étude comparative par LC-MS/MS non ciblée d'échantillons de peau de patients psoriatiques a permis d'identifier 47 protéines qui bougent, qui sont ensuite suivies par méthode ciblée MRM, pour n'en retenir que 8 et poursuivre les validations. Un worflow de routine?

caractérisation des HCPs.

Les dommages photoniques du stratum corneum  par la protéomique nanoLC-MS/MS.

Métagénomique et protéomique pour étudier le microbiome de la peau.

Protéomique en développement précoce et essais cliniques pour de nouveaux biomarqueurs.

Nos approches des effets d'un médicament ou d'un ingrédient actif en cosmétique sont étroitement dépendantes des techniques analytiques à notre disposition. Les 40 dernières années ont été éclairées par des techniques ciblées  comme l'ELISA ou la PCR: On va suivre, avec une spécificité étroite, une molécule particulière qui a été identifiée, au prix de longues recherches, comme "le" marqueur du phénomène biologique qui nous intéresse. On recherche des effets positifs sur un phénomène biologique, puis on regardera ensuite les effets négatifs.

Plus récemment, les techniques de séquençage haut-débit ou de LC-MS/MS haute résolution ont infléchi les approches. En effet, on peut identifier et même quantifier des milliers de molécules à la fois, sans les cibler au préalable. Ces techniques génèrent des masses de données à traiter qui nous ont amené à développer rapidement des méthodes complémentaires de Biostatistique et Bioinformatique comme CORAVALID chez MS PHYLOGENE.

Aussi, au vu des résultats, on observe des réactions classiques: "Où est mon marqueur?". "Pourquoi toutes ces molécules bougent-elles?". " C'est bien plus compliqué que ce que je pensais, alors je ne regarde que ça d'abord..".

N'ayons pas de crainte de ces approches innovantes. Il est particulièrement fructueux, par exemple, d'appréhender des effets moléculaires sur le protéome d'une cellule par comparaison des protéomes testé vs témoin. On voit rapidement l'impact, positif ou négatif, sur les voies métaboliques, les fonctions biologiques ou moléculaires, les composants cellulaires et les interacteurs. Il est bien plus intéressant d'avoir ces informations à ce stade précoce pour éviter de les découvrir dans une phase ultérieure de développement à un coût forcément bien plus élevé!

La protéomique et la bioinformatique permettent la compréhension des interactions entre les Lactobacilles et leur environnement, humain ou animal.

nanoLC Dionex-Q Exactive+   -   Orbitrap

Comparaison quantitative des protéomes de S. cerevisiae en label-free..... Comparaison quantitative de biopsies à évolution métastatique à des biopsies non évolutives..... Méthode de dosage MRM d'OMPs de bactéries pathogènes..... Identification shotgun de protéines de membrane végétale dans un extrait..... Comparaison quantitative d'extraits de SC traités/non-traités..... Etude de cible par ABPP (Activity Based Protein Profiling)..... Etude comparative de cellules  infectées HSV1..... Comparaison quantitative de protéomes de cellules immunitaires activées/non activées

MS-PHYLOGENE utilise désormais sa base de données PROTABIORES pour la caractérisation par les protéines impliquées des mécanismes de résistance aux antibiotiques. Cette base de peptides et protéines utilisable par LC-MS/MS contient 53000 entrées en Septembre 2015.

notre poster à l'EBF 2015

L'impact des tests rapides sur le mauvais usage des antibiotiques

Ces journées fort intéressantes ont fait le point sur l'aventure du microbiote de la peau qui débute.

SID 2016 (Society for Investigative Dermatology) Notre poster avec DSM sur les effets des UVs sur le stratum corneum évalués avec la protéomique HR en quantification relative

Suivi des oxydations par les UVs

Nous avons présenté la plateforme TissueScreen commune à Histalim et Phylogene: de la biobanque à l'Antibody Drug Conjugate.

Le projet KINDRED auquel nous participons est l'un des 4 projets. Notre poster sur le profiling des kinases et des inhibiteurs de kinases.

Protéomique et phosphoprotéomique pour étudier les effets

La protéomique "sans hypothèse préalable" et la bioinformatique dédiée efficaces dans les études du cornéome et du céramidome impactés par la lumière, du sécrétome de fibroblates et d'explants de peau traités par un extrait enzymatiques de Prunus.

La protéomique a beaucoup évolué récemment, en particulier grâce à la Spectrométrie de Masse.

Cette technologie complexe est maintenant rentrée dans les laboratoires d'analyse, hospitaliers par exemple. Il est maintenant possible par MALDI-TOF d'identifier l'espèce bactérienne à partir d'une colonie.

Dans la Spectrométrie de Masse en tandem, le mode SRM (Selected Reaction Monitoring) est venu fortement améliorer la quantification des protéines.

Ceci permet également de traiter des échantillons complexes sans mettre en oeuvre au préalable de longues et coûteuses méthodes d'extraction des protéines.

L'identification non ciblée (dite shotgun proteomics) et la quantification relative des protéines (dite label-free) atteint également des performances qui permettent la comparaison d'échantillons traité vs témoin ou pathologique vs sain.

Ces nouvelles avancées produisent des quantités importantes de données et nécessitent de nouveaux outils de bioinformatique pour les traiter efficacement, tels que notre module CORAVALID.

Des progrès intéressants dont on peut bénéficier..

XXIXèmes Journées Européennes de Dermocosmétologie - Lyon Jan 31-Fev 01. Présentation de nos outils d'objectivation des effets.

La protéomique haute résolution est l'outil de vérification des modifications induites, spécifiques ou non.

Forte stabilité fonctionnelle de la phyllosphère pour une forte variabilité taxonomique.

La protéomique non ciblée permet de voir les effets, positifs et négatifs.

Comment accéder par les fonctions aux relations hôte-microbiote.

Exemple avec nos outils de protéomique pour évaluer les effets sur le microbiome et l'hôte simultanément

Une méthode bien rodée et efficace

Les PTMs , un mécanisme essentiel de la fonctionnalité des protéines.

évènement sur les ADCs, notre poster

Collaboration Phylogene et Dermatec sur le microbiome:
Dermatec, fort de ses cohortes de volontaires déjà établies et de son personnel qualifié, conçoit et réalise des essais cliniques de dermo-cosmétique avec prélèvements biologiques spécifiques nécessaires à l'étude du microbiote de la peau.
Phylogene effectue sur les prélèvements les tests de génomique et/ou de protéomique associés au traitement bioinformatique /biostatistique des données qui mettent en évidence les effets sur le microbiote et la peau.
Une bonne solution pour vos études du microbiome!

Notre poster à l'ESDR2017: L'impact de la protéomique pour étudier la peau et son microbiome simultanément, au niveau fonctionnel.

Comprendre le métabolisme de fermentation avec la protéomique HR

Notre poster sur la protéomique de la peau sèche dans différents groupes ethniques a été récompensé comme l'un des 10 meilleurs sur 313. Il a ainsi montré l'efficacité de la méthode pour identifier de nouvelles voies métaboliques impliquées.

Notre approche génomique et protéomique combinée de la peau et du microbiome a été un franc succès

Mode d'action des peptides anti microbiens: L'étude comparative des sécrétomes de peaux de patients atteints de dysplasie ectodermique vs témoins éclaire les mécanismes de la pathologie.

MS Phylogene a reçu en cette fin 2016 une nouvelle configuration basée Orbitrap, une nanoLC UltiMate3000 Dionex couplée Q-Exactive PLUS HCD pour des performances accrues en protéomique et métabolomique.

Les effets des UV, les désordres de la peau à travers le protéome des fibroblastes, le microbiome cutané appréhendés en protéomique HR

Phylogene sera présent à Bio-Spring Europe à Paris, du 19 au 21/03/2015

Tests d'objectivation par comparaison des protéomes de fibroblastes, kératinocytes, explants de peau, peau reconstituée, D-squame, écouvillons, matrices extra-cellulaires.. Nous consulter.

L'étude des phosphoprotéines et des réseaux de signalisation concernés permet de comprendre les phénomènes induits dans les lignées cellulaires comme dans les biopsies 

Etude sur la souris des effets des UVB et définition de biomarqueurs. Notre expérience est différente chez l'homme d'où l'intérêt de rester en non-ciblé pour être sur de suivre l'ensemble des phénomènes.

La comparaison de souches de Bifidobacterium en label-free LC-MS/MS permet leur differenciation dans le procédé

Le processus infectieux viral du virus de la Dengue suivi en protéomique haute résolution. Nous consulter

Les "Outer Membrane Vesicles" comme source d'antigènes vaccinaux

Mécanismes et biomarqueurs de différenciation par protéomique HR

Mise en évidence des protéines d'intérêt par label-free LC-MS/MS

Un exemple de comparaison de biopsies.

Kinome et inhibiteurs de kinases par LC-MS/MS. Nous consulter pour ces évaluations

PHYLOGENE sera présent à EIC 2013 les 25 et 26 Septembre à Montpellier./Local/msphylogene/files/85/PresentationTissueScreen.A4.-EN.final.pdf

PHYLOGENE spectrométrie de masse est partenaire du projet KINDReD, projet FP7-Health-2013 Innovation de 36 mois et de 14 partenaires dont la vocation est de développer des candidats médicaments anti-parasitaires. PHYLOGENE-spectrométrie de masse est WP leader sur la recherche de cibles.

PHYLOGENE spectrométrie de masse a été retenu pour un financement EUROSTARS de son projet NOSO-FIGHT sur les infections associées aux soins

PHYLOGENE spectrométrie de masse est impliquée dans le projet ID-THON financé FUI sur l'identification des espèces de thons.

Lors de Cosmetic days 2014, PHYLOGENE a présenté le poster "High-resolution nano LC-MS/MS proteomics and CORAVALID data processing: For a new approach of substantiation tests"

La néphropathie diabétique par label-free LC-MS/MS pour comprendre la maladie.

L'hétérosis des feuilles en protéomique label-free.

L'approche LC-MS/MS protéomique de la maladie d'Alzheimer